روده‌ی انسان، جایگاه بیش از صد‌ها نوع باکتری است که تعداد آنها به بیش از ۱۰۰ تریلیون می رسد.  به مجموعه میکروارگانیزم هایی همچون باکتری ها که در روده انسان زندگی می کنند، فلور روده گفته می شود. ممکن است برخی از این باکتری ها مضر باشند اما اکثر آنها برای سلامت عمومی، بسیار اهمیت داشته و علاوه بر کمک به گوارش غذا برای از بین بردن باکتری‌های مضر و تولید مواد مفیدی مثل ویتامین K، اسیدفولیک و اسیدهای چرب زنجیره کوتاه نقش دارند.