کلستریدیوم دیفیسیل (Clostridium difficile) یک باکتری اسپوردار بی‌هوازی گرم مثبت است. این میکروارگانیسم هم به صورت فعال و هم به شکل اسپور یافت می‌شود. اسپور‌ها به مدت طولانی درمحیط زنده می‌مانند و می‌توانند از محیط اسیدی معده عبور کنند. در روده‌ی باریک اسپور‌ها به شکل فعال تبدیل می‌شوند. اگر فلور طبیعی روده بزرگ به دلیل مصرف آنتی‌بیوتیک به هم خورده باشد، با حضور این باکتری در روده عفونت ایجاد می‌شود. تولید سم برای ایجاد بیماری ضروری است. مهمترین عامل در قدرت بیماری زایی ناشی از کلستریدیوم دیفیسل تولید دو نوع سم TcdAو TcdBاست. این سموم مسئول التهاب، ترشح موکوس و آسیب مخاطی که موجب اسهال یا کولیت می‌شود، هستند. این بیماری به عنوان یک عفونت بیمارستانی شناخته می‌شود.